El tercer aspecto de la unión con Cristo es la unión mística, la cuál se refiere a la unión con Cristo e incomprensible que el creyente experimenta en su vida. También es conocida como unión aplicativa porque se aplica en cada creyente en particular. Es una obra realizada por el soberano Espíritu de Dios, quien toma de la gracia de Cristo y nos da la fe y el arrepentimiento para asirnos de Cristo. Sin esta unión en nada nos aprovecha el sacrificio de Cristo. La Biblia usa cuatro analogías para hablar de esta unión: el matrimonio, el cuerpo, la vid y un edificio.