Antes de conocer la historia de la Confesión de 1689, también conocida como Segunda Confesión de Fe de Londres, es necesario que conozcamos la historia de la Primera Confesión de Fe de Londres. Esta primera confesión surgió en el año 1644 como parte de una estrategia de parte de los bautistas para ser escuchados por los presbiterianos. Los bautistas querían responder a acusaciones que se hacían en su contra como que creían en el libre albedrío, que eran rebeldes al estado, y que tenían prácticas sexuales ilícitas. Además de defenderse de ataques, en esta confesión los bautistas presentaron sus distintivos, por ejemplo, respecto a la membresía de la iglesia local, la administración del bautismo por inmersión a creyentes, y un tipo de gobierno eclesiástico congregacionalista.